Celem działalności Towarzystwa jest zachowanie różnorodności biologicznej poprzez ochronę dziko żyjących ptaków wraz z ich środowiskiem życia oraz propagowanie wiedzy przyrodniczej na terenie swojej działalności tj. w granicach Małopolski Wschodniej.

Towarzystwo realizuje swoje cele poprzez:

1. Wpływ na formowanie przepisów prawnych dotyczących ochrony przyrody.

2. Podejmowanie działań w kierunku pełnego egzekwowania już istniejących przepisów prawnych.

4. Popularyzację idei ochrony ptaków w środkach masowego przekazu.

5. Edukację przyrodniczą.

6. Współpracę z innymi organizacjami i instytucjami zajmującymi się ochroną przyrody w celu koordynacji działań i wymiany doświadczeń.

7. Powoływanie fundacji.

8. Pokrywanie strat wynikłych z użytkowania gruntów w sposób zgodny z zaleceniami Towarzystwa.

9. Wykupywanie lub dzierżawę gruntów mających znaczenie dla ochrony ptaków.

10. Podejmowanie wszystkich innych legalnych działań, uznanych za sprzyjające celom Towarzystwa.

Komputerowa baza danych oparta jest na około 800 zebranych informacjach o lęgach ponad 150 gatunków, ponadto zebrano około 5 500 obserwacji faunistycznych i fenologicznych dla około 280 gatunków. Region gromadzi również informacje o najwartościowszych terenach godnych ochrony rezerwatowej i jako, użytki ekologiczne.

Najciekawsze gatunki awifauny to: puszczyk uralski, dzięcioł białoszyji, dzięcioł trójpalczasty, płochacz halny, nagórnik, orzeł przedni, żołna, rybitwa białowąsa, orlik krzykliwy, gadożer.

 Ornitologiczne Wydawnictwo Regionalne

Wydawnictwem regionalnym członków PTO są zeszyty "Badania Nad Ornitofauną Ziemi Przemyskiej", "Ptaki Podkarpacia". Zarząd PTO zwraca się do wszystkich posiadających niepublikowane prace ornitologiczne z Regionu Ziemi Przemyskiej o nadsyłanie prac do druku na adres Przemyskiego Towarzystwa Ornitologicznego.

 Program ochrony Puszczyka uralskiego w Polskich Karpatach Wschodnich